Ορισμένες δεκαετίες πριν, η ιδέα της πρόβλεψης παραγωγικών χαρακτηριστικών των ζώων (π.χ. πρόβλεψη γαλακτοπαραγωγής) με βάση το DNA τους και μόνο θα εμφανιζόταν ως ταινία επιστημονικής φαντασίας. Ωστόσο, η ραγδαία πρόοδος στον τομέα της μοριακής βιολογίας (π.χ. ανάγνωσμα ολόκληρου του γονιδιώματος, DNA μικροσυστοιχίες) τις τελευταίες δεκαετίες οδήγησε στην ανάπτυξη της τεχνολογίας αυτής και εφαρμογής της πλέον στην πράξη στους συνεταιρισμούς γενετικής βελτίωσης παραγωγικών ζώων. Το 2001, παρουσιάστηκε βάσει προσομοιώσεων πως 30,000 μοριακοί δείκτες θα ήταν αρκετοί, για να επιτευχθούν ακρίβειες εκτίμησης κληροδοτικών αξιών των ζώων (EBV), παρόμοιες με αυτές του απογονικού ελέγχου. Η διαδικασία αυτή, σύμφωνα με την οποία, δίνεται η δυνατότητα διερεύνησης του γενετικού υπόβαθρου ενός ατόμου με τη χρήση μοριακών δεικτών και απλών (γραμμικών) μοντέλων και η οποία έχει ως στόχο την εύρεση του παραγωγικού του δυναμικού και τη χρησιμοποίησή του για αναπαραγωγή, αποτελεί αυτό που αποκαλούμε γονιδιωματική επιλογή (Genomic Selection, GS). Τα έως τώρα θεωρητικά δεδομένα δείχνουν ότι η γονιδιωματική επιλογή μπορεί να προσφέρει δυναμικό έως και διπλασιασμού του γενετικού οφέλους σε σχήματα γενετικής βελτίωσης παραγωγικών ζώων. Η εφαρμογή της έχει ήδη ξεκινήσει σε συνεταιρισμούς γενετικής βελτίωσης ανά τον κόσμο, κυρίως σε γαλακτοπαραγωγές αγελάδες. Το κόστος της γονοτύπησης ενός ζώου ανέρχεται σε ~100$. Η τεχνολογία της γονιδιωματικής επιλογής αποτελεί επανάσταση για τον τομέα της γενετικής βελτίωσης, ενώ βρίσκει, επίσης, πρόσφορο έδαφος και σε μελέτες που άπτονται του ανθρώπινου DNA – μελέτες κυρίως που σχετίζονται με την πρόβλεψη ασθενειών.